مدیریت در منطقه آزاد اروند با وجود گذشت 21 سال از تأسیس آن، هنوز با چالش دوگانگی مدیریتی میان سازمان منطقه آزاد و دیگر نهادهای مسئول مواجه است. این دوگانگی به عنوان بزرگترین مانع در مسیر توسعه و بهبود وضعیت پایانه شلمچه در سالهای اخیر شناخته میشود.